Penerbangan dari Pulau Jawa menuju Ke manokwari – Papua Barat dapat dilakukan melalui 3 kota, yakni Jakarta, Surabaya, dan Jogjakarta. Masing-masing penerbangan tersebut dioperasikan melaui Bandara Soekarno Hatta (CGK), Bandara Juanda (SUB), dan Bandara Adisucipto (JOG). Masing-masing penerbangan menuju ke Manokwari dapat ditempuh dalam waktu rata-rata 2 jam hingga 4 jam perjalanan.
Maskapai yang menyediakan layanan penerbangan ke Manokwari antara lain adalah Sriwijaya Air, Garuda Indonesia, dan Xpressair. Dari Jakarta, ada sekitar 15 jadwal pemberangkatan menuju Manokwari dalam sehari. Sedangkan dari Surabaya dan Yogyakarta, masing-masing sebanyak 4 kali dan 2 kali dalam sehari.
Berikut Kami informasikan terkait Jadwal Penerbangan dari Masing-masing kota Jakarta, Surabaya, dan Jogjakarta menuju Manokwari,
| Jadwal Penerbangan dari Jakarta ke Manokwari | ||||
| Nama Maskapai | Kode Penerbangan | Berangkat | Tiba | Frekuensi |
| Sriwijaya Air | SJ598 | 12.05 AM | 03.20 AM | Selasa, Kamis, Sabtu, Minggu |
| Sriwijaya Air | SJ570 | 04.15 AM | 08.45 AM | Selasa, Kamis, Sabtu, Minggu |
| XpressAir | XAR812 | 01.10 AM | 08.40 AM | Setiap Hari |
| Sriwijaya Air | SJ234 | 06.30 PM | 09.00 PM | Senin, Rabu, Jumat, Sabtu |
| Sriwijaya Air | SJ570 | 09.45 PM | 08.45 AM (+1) | Senin, Rabu, Jumat, Sabtu |
| Sriwijaya Air | SJ256 | 06.35 PM | 07.50 PM | Senin, Rabu, Jumat, Sabtu |
| Sriwijaya Air | SJ570 | 09.45 PM | 08.45 AM (+1) | Senin, Rabu, Jumat, Sabtu |
| Garuda Indonesia | GA650 | 09.00 PM | 12.30 AM (+1) | Setiap Hari |
| Garuda Indonesia | GA698 | 03.15 AM | 08.00 AM | Setiap Hari |
| Sriwijaya Air | SJ580 | 09.45 PM | 01.00 AM (+1) | Setiap Hari |
| Sriwijaya Air | SJ584 | 02.30 AM | 06.20 AM | Setiap Hari |
| Sriwijaya Air | SJ588 | 10.20 PM | 01.35 AM (+1) | Selasa, Kamis, Minggu |
| Sriwijaya Air | SJ584 | 02.30 AM | 06.20 AM | Selasa, Kamis, Minggu |
| Garuda Indonesia | GA640 | 11.45 PM | 03.15 AM (+1) | Setiap Hari |
| Garuda Indonesia | GA690 | 05.30 AM | 10.10 AM | Setiap Hari |
| Jadwal Penerbangan dari Surabaya ke Manokwari | ||||
| Nama Maskapai | Kode Penerbangan | Berangkat | Tiba | Frekuensi |
| Sriwijaya Air | SJ570 | 09.45 PM | 12.15 AM (+1) | Senin, Rabu, Jumat, Sabtu |
| Sriwijaya Air | SJ584 | 02.30 AM | 06.20 AM | Setiap Hari |
| Sriwijaya Air | SJ562 | 11.00 PM | 01.30 AM (+1) | Setiap Hari |
| Sriwijaya Air | SJ570 | 04.15 AM | 08.45 AM | Selasa, Kamis, Minngu |
| Jadwal Penerbangan dari Yogyakarta ke Manokwari | ||||
| Nama Maskapai | Kode Penerbangan | Berangkat | Tiba | Frekuensi |
| Sriwijaya Air | SJ234 | 08.10 PM | 09.00 PM | Senin, Rabu, Jumat, Sabtu |
| Sriwijaya Air | SJ570 | 09.45 PM | 08.45 AM (+1) | Senin, Rabu, Jumat, Sabtu |