Penerbangan Pesawat dari Jakarta Ke Kupang – Nusa Tenggara Timur dioperasikan dari Bandara Internasional Soekarno – Hatta (CGK) di Cengkareng menuju ke Bandara Internasional El Tari (KOE) di Kupang – Nusa Tenggara Timur. Penerbangan ini sebenarnya hanya membutuhkan waktu sekitar 1 jam 50 menit jika dilakukan secara langsung. Hanya saja, beberapa maskapai yang tersedia biasanya melakukan transit terlebih dahulu di beberapa kota sebelum akhirnya sampai ke Bandara El Tari.
Pada rute penerbangan Jakarta – Kupang, tersedia 4 Maskapai penerbangan yang menyediakan armadanya untuk melayani jasa angkutan penumpang komersil, yakni Batik Air, Lion Air, Garuda Indonesia, dan Sriwijaya Air. Masing-masing maskapai mengoperasikan armadanya 7 hari dalam seminggu (setiap hari). Untuk Rute Jakarta – Kupang, Lion Air mengoperasikan 3 armadanya dalam sehari, Garuda Indonesia 2 kali, serta Batik Air dan Sriwijaya Air yang masing-masing 1 kali dalam sehari. Sedangkan untuk Rute Kupang – Jakarta, Hanya ada 3 maskapai yang beroperasi, yakni Garuda Indonesia, Batik Air, dan Lion Air.
Berikut jadwal penerbangan untuk Rute Jakarta – Kupang PP dari berbagai maskapai yang tersedia,
| Jakarta ke Kupang | ||||
| Nama Maskapai | Kode Penerbangan | Berangkat | Tiba | Frekuensi |
| Batik Air | ID 6540
|
02.30 | 06.30 (-1) | Senin, Selasa, Rabu, Kamis, Jumat, Sabtu, Minggu |
| Lion Air | JT 690
|
05.00 | 10.20 (-1) | Senin, Selasa, Rabu, Kamis, Jumat, Sabtu, Minggu |
| Garuda Indonesia | GA 438
|
07.15 | 12.50 (-1) | Senin, Selasa, Rabu, Kamis, Jumat, Sabtu, Minggu |
| Lion Air | JT 692
|
09.10 | 14.25 (-1) | Senin, Selasa, Rabu, Kamis, Jumat, Sabtu, Minggu |
| Sriwijaya Air | SJ 254
|
12.00 | 17.00 (-1) | Senin, Selasa, Rabu, Kamis, Jumat, Sabtu, Minggu |
| Garuda Indonesia | GA 448
|
15.45 | 21.10 (-1) | Senin, Selasa, Rabu, Kamis, Jumat, Sabtu, Minggu |
| Lion Air | JT 696
|
16.50 | 22.05 (-1) | Senin, Selasa, Rabu, Kamis, Jumat, Sabtu, Minggu |
| Kupang ke Jakarta | ||||
| Nama Maskapai | Kode Penerbangan | Berangkat | Tiba | Frekuensi |
| Garuda Indonesia | GA 449
|
06.30 | 10.00 (+1) | Senin, Selasa, Rabu, Kamis, Jumat, Sabtu, Minggu |
| Batik Air | ID 6541
|
08.00 | 10.00 (+1) | Senin, Selasa, Rabu, Kamis, Jumat, Sabtu, Minggu |
| Garuda Indonesia | GA 439
|
13.35 | 17.05 (+1) | Senin, Selasa, Rabu, Kamis, Jumat, Sabtu, Minggu |
| Lion Air | JT 693
|
15.05 | 18.20 (+1) | Senin, Selasa, Rabu, Kamis, Jumat, Sabtu, Minggu |
| Sriwijaya Air | SJ 255
|
17.35 | 21.20 (+1) | Senin, Selasa, Rabu, Kamis, Jumat, Sabtu, Minggu |