Jepang memiliki setidaknya 40-an maskapai penerbangan, dengan lebih dari separuhnya masih aktif hingga saat ini. Maskapai penerbangan yang pertama kali dimiliki oleh Jepang adalah All Nippon Airways (ANA/NH). Maskapai ini pertama kali diresmikan pada tahun 1952, dan dioperasikan juga di tahun yang sama. Hingga kini, All Nippon Airways masih aktif melayani penerbangan untuk rute domestik dan Internasional dari maupun yang menuju Jepang.
Beberapa nama maskapai lainnya yang masih aktif beroperasi di Jepang diantaranya adalah Air Do, Air Japan, ANA Wings, Fuji Dream Airlines, Hokkaido Air System, JAL Express, Japan Air Commuter, Japan Airlines, Jetstar Japan, dan lainnya. Berikut rincian keterangan dari maskapai penerbangan yang masih aktif di Jepang.
| Nama Maskapai | Kode ICAO | Kode IATA | Awal Beroperasi (Tahun) |
| Air Do | ADO | HD | 1998 |
| Air Japan | AJX | NQ | 2001 |
| Airtransse | TSQ | – | 2005 |
| All Nippon Airways | ANA | NH | 1952 |
| Amakusa Airlines | AHX | – | 2000 |
| ANA Wings | AKX | EH | 2010 |
| Fuji Dream Airlines | FDA | JH | 2009 |
| Hokkaido Air System | NTH | – | 1998 |
| Ibex Airlines | IBX | FW | 2004 |
| J-Air | JLJ | XM | 1996 |
| JAL Express | JEX | JC | 1998 |
| Japan Air Commuter | JAC | 3X | 1983 |
| Japan Airlines | JAL | JL | 1951 |
| Japan Transocean Air | JTA | NU | 1993 |
| Jetstar Japan | JJP | GK | 2012 |
| New Central Airlines | CUK | – | 1978 |
| New Japan Aviation | NJA | – | 1969 |
| Nippon Cargo Airlines | NCA | KZ | 1985 |
| Oriental Air Bridge | ORC | – | 2001 |
| Peach Aviation | APJ | MM | 2012 |
| Ryukyu Air Commuter | RAC | – | 1985 |
| Skymark Airlines | SKY | BC | 1998 |
| Solaseed Air | SNJ | 6J | 2011 |
| Spring Airlines Japan | SJO | IJ | 2014 |
| StarFlyer | SFJ | 7G | 2006 |
| Vanilla Air | VNL | JW | 2013 |
Beberapa maskapai penerbangan juga ada yang sudah berstatus nonaktif. Beberapa diantaranya memang sengaja tidak beroperasi, sedang sisanya berganti nama atau dilebur menjadi maskapai baru. Di bawah ini adalah daftar dari maskapai penerbangan di Jepang yang berstatus non-aktif.
| Nama Maskapai | Pertama Kali Beroperasi | Dinonaktifkan | Keterangan |
| Air Hokkaido | 1994 | 1996 | – |
| Air Central | 2005 | 2010 | – |
| Air Next | 2004 | 2010 | Dilebur menjadi ANA Wings |
| ANA & JP Express | 2006 | 2010 | Dilebur menjadi Air Japan |
| ANK – Air Nippon | 1987 | 2012 | – |
| Galaxy Airlines (Japan) | 2005 | 2008 | – |
| Japan Asia Airways | 1975 | 2008 | Dilebur menjadi JAL – Japan Airlines |
| JAL – Japan Airlines Domestic | 2004 | 2006 | Dilebur menjadi JAL – Japan Airlines |
| JAL Express | 1997 | 2014 | Dilebur menjadi JAL – Japan Airlines |
| JALways | 1999 | 2010 | Dilebur menjadi JAL – Japan Airlines |
| JAS – Japan Air System | 1988 | 2004 | Berganti nama menjadi JAL – Japan Airlines Domestic |
| JUST – Japan Universal System Transport | 1991 | 1996 | – |
| SNA – Skynet Asia Airways | 1997 | 2011 | Berganti nama menjadi Solaseed Air |
| Southwest Air Lines (Japan) | 1967 | 1993 | Berganti nama menjadi JTA – Japan Transocean Air |
| TOA Domestic Airlines | 1971 | 1988 | Berganti nama menjadi JAS – Japan Air System |