Penerbangan dengan rute Jakarta menuju Tarakan dioperasikan melaui Bandara Internasional Soekarno Hatta (CGK) di Cengkareng menuju ke Bandara Internasional Juwata (TRK) di Tarakan – Kalimantan Utara. Waktu yang dibutuhkan untuk menempuh penerbangan ini adalah sekitar 2 jam 50 menit jika tanpa transit.
Tersedia 4 maskapai yang melayani penerbangan di jalur ini, yakni Garuda Indonesia, Kalstar, Lion Air, dan Sriwijaya Air. Dari keempat maskapai tersebut, hanya Lion Air dan Sriwijaya Air yang membuka penerbangan langsung untuk rute Jakarta – Tarakan dengan masing-masing Lion Air 4 kali dan Sriwijaya Air 1 kali dalam sehari.
Total jadwal pemberangkatan pesawat dari Jakarta menuju Tarakan ada 23 kali dalam sehari yang terdiri dari 5 jadwal penerbangan langsung ke Tarakan, dan sisanya 18 pesawat transit dahulu sebelum tiba di Tarakan. Berikut rincian dari jadwal penerbangan langsung dan Transit untuk rute Jakarta – Tarakan,
| Maskapai – Kode Penerbangan | Berangkat | Tiba | Transit | Frekuensi |
| Kalstar – KD790 | 05.00 | 08.15 | transit di Berau (BEJ) | Setiap Hari |
| Kalstar – KD903 | 10.10 | 10.33 | transit di Berau (BEJ) | Setiap Hari |
| Lion Air – JT626 | 05.00 | 08.50 | – | Setiap Hari |
| Lion Air – JT596 | 05.00 | 06.30 | transit di Surabaya (SUB) | Setiap Hari |
| Lion Air – JT262 | 07.20 | 12.15 | transit di Surabaya (SUB) | Setiap Hari |
| Lion Air – JT690 | 05.00 | 06.30 | transit di Surabaya (SUB) | Setiap Hari |
| Lion Air – JT262 | 07.20 | 12.15 | transit di Surabaya (SUB) | Setiap Hari |
| Lion Air – JT760 | 06.00 | 12.15 | – | Setiap Hari |
| Sriwijaya Air – SJ160 | 06.10 | 09.10 | transit di Balikpapan (BPN) | Setiap Hari |
| Sriwijaya Air – SJ164 | 09.55 | 10.55 | transit di Balikpapan (BPN) | Setiap Hari |
| Lion Air – JT778 | 08.15 | 11.40 | transit di Ujung Pandang (UPG) | Setiap Hari |
| Lion Air – JT662 | 13.50 | 16.45 | transit di Ujung Pandang (UPG) | Setiap Hari |
| Garuda Indonesia – GA564 | 08.50 | 12.05 | transit di Balikpapan (BPN) | Setiap Hari |
| Garuda Indonesia – GA662 | 13.05 | 14.05 | transit di Balikpapan (BPN) | Setiap Hari |
| Lion Air – JT692 | 09.10 | 10.40 | transit di Surabaya (SUB) | Setiap Hari |
| Lion Air – JT260 | 11.40 | 16.40 | transit di Surabaya (SUB) | Setiap Hari |
| Lion Air – JT994 | 11.20 | 14.45 | transit di Ujung Pandang (UPG) | Setiap Hari |
| Lion Air – JT676 | 16.40 | 19.30 | transit di Ujung Pandang (UPG) | Setiap Hari |
| Lion Air – JT774 | 11.20 | 14.40 | transit di Ujung Pandang (UPG) | Setiap Hari |
| Lion Air – JT676 | 16.40 | 19.30 | transit di Ujung Pandang (UPG) | Setiap Hari |
| Lion Air – JT756 | 11.55 | 16.45 | – | Setiap Hari |
| Sriwijaya Air – SJ230 | 12.30 | 19.10 | – | Setiap Hari |
| Lion Air – JT768 | 14.45 | 19.35 | – | Setiap Hari |