Penerbangan dari Jakarta ke Jayapura – Papua dilakukan dari Bandara Soekarno-Hatta (CGK) di Cengkareng ke Bandara Sentani (DJJ) di Jayapura. Dalam sehari terdapat 7 jadwal penerbangan dari 4 maskapai yang tersedia untuk rute penerbangan Jakarta menuju ke Jayapura, begitu juga untuk rute berlawanan. Maskapai tersebut diantaranya adalah Batik Air, Lion Air, Sriwijaya Air, dan Garuda Indonesia. Batik Air, Lion Air, dan Sriwijaya Air menjadwalkan penerbangan 2 kali sehari; sedangkan Garuda Indonesia hanya menjadwalkan 1 kali penerbangan pada rute penerbagan Jakarta menuju Jayapura. Formasi yang kurang lebih sama juga berlaku untuk rute sebaliknya yaitu rute penerbangan Jayapura menuju ke Jakarta.
Penerbangan dari Jakarta ke Jayapura diawali oleh batik Air yang mengoperasikan armadanya sejak pukul 07.35 pagi hingga akhirnya ditutup pada pukul 23.55 juga oleh Batik Air sebagai penerbangan terakhir pada hari itu. Dari 7 jadwal penerbangan yang tersedia hanya 1 penerbangan yang dioperasikan pada hari Senin saja yakni penerbangan oleh Sriwijaya Air (Kode : SJ 580), sedangkan sisanya dioperasikan setiap hari (7 hari dalam seminggu). Penerbangan untuk rute sebaliknya, yaitu dari Jayapura ke Jakarta diawali sejak pukul 07.45 pagi oleh Lion Air hingga penerbangan terakhir dilakukan oleh Batik Air pada pukul 17.05 sore.
Berikut kami tampilkan jadwal penerbangan dari Jakarta (CGK) ke Jayapura (DJJ), dan sebaliknya :
| Jadwal Penerbangan rute Jakarta – Jayapura | ||||
| Maskapai | Kode Penerbangan | Berangkat (Jakarta) | Tiba (Jayapura) | Frekuensi |
| Batik Air | ID 6182 | 07.35 | 16.15 | Senin, Selasa, Rabu, Kamis, Jumat, Sabtu, Minggu |
| Batik Air | ID 6180 | 23.55 | 07.55 | Senin, Selasa, Rabu, Kamis, Jumat, Sabtu, Minggu |
| Lion Air | JT 798 | 21.40 | 06.05 | Senin, Selasa, Rabu, Kamis, Jumat, Sabtu, Minggu |
| Lion Air | JT 794 | 22.30 | 06.00 | Senin, Selasa, Rabu, Kamis, Jumat, Sabtu, Minggu |
| Sriwijaya Air | SJ 580 | 21.45 | 07.10 | Senin |
| Sriwijaya Air | SJ 588 | 22.20 | 08.25 | Senin, Selasa, Rabu, Kamis, Jumat, Sabtu, Minggu |
| Garuda Indonesia | GA 656 | 23.20 | 06.00 | Senin, Selasa, Rabu, Kamis, Jumat, Sabtu, Minggu |
| Jadwal penerbangan rute Jayapura – Jakarta | ||||
| Maskapai | Kode Penerbangan | Berangkat (Jayapura) | Tiba (Jakarta) | Frekuensi |
| Batik Air | ID 6181 | 08.45 | 12.15 | Senin, Selasa, Rabu, Kamis, Jumat, Sabtu, Minggu |
| Batik Air | ID 6183 | 17.05 | 21.35 | Senin, Selasa, Rabu, Kamis, Jumat, Sabtu, Minggu |
| Lion Air | JT 795 | 07.45 | 12.20 | Senin, Selasa, Rabu, Kamis, Jumat, Sabtu, Minggu |
| Lion Air | JT 797 | 11.00 | 16.45 | Senin, Selasa, Rabu, Kamis, Jumat, Sabtu, Minggu |
| Sriwijaya Air | SJ 581 | 09.10 | 13.55 | Senin |
| Sriwijaya Air | SJ 589 | 12.20 | 17.25 | Senin, Selasa, Rabu, Kamis, Jumat, Sabtu, Minggu |
| Garuda Indonesia | GA 657 | 11.40 | 14.45 | Senin, Selasa, Rabu, Kamis, Jumat, Sabtu, Minggu |